有机质材料的应用是有机农业的重要课题之一。其功能甚多，除了可供分解、释放出植物的养分外，且有助土壤理化性的改善及增进营养元素之有效性等等的功效。
农业用的有机质材料的来源甚多，不外乎来自生物的残体或残质，包括植物、动物及微生物的来源，有的是新鲜，有的是干燥， 另有的是已腐熟，也有的是数年、百年、千万年的残质，由于来源及分解难易不同，因此需要认识有机质材料的特性，将有助选择应用得当。

 种类及特性
有机质材料的来源可区分为两大类：一为农场有机肥，另一是商业有机肥。农场有机肥的成分变化较多，而商业有机肥是依据产品及各种副产物之特定配方而成，成分较固定，以下分别说明其种类及特性：

农场有机肥：包括廄肥、植物体残质、绿肥等有机物。

      廄肥

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      各种动物的排泄物是常见的有机肥料，如家禽、牛、猪、羊等动物之排泄物，包括固态及液态两类，排泄物的类别及营养含量除不同于动物而有较大差异外，饲料及消化能力的不同，也是重要的影响因子，一般鸡粪含有较高的氮气，猪粪则常见含有比牛粪多的磷素。动物的排泄物中固体及液体（尿水）均可分开处理或与吸收材料（植物体或吸附料）混合处理供廄肥使用。

      植物体残质

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     作物残体可做廄肥、堆肥或留在田间当有机肥，虽然作物残体所含养分不高，但主要是可改善土壤的构造，及分解时产生许多有机酸，对土壤营养成分之有效性有增进的效果，尤其对微量元素之供应有其重要性。 堆肥是动植物体之废弃物经堆置及部分分解的产物，由于质材来源种类甚多，甚至垃圾都可做堆肥，一些对制作堆肥的基本了解是必须的。 堆肥的施用目的是增进土壤有机质及生长促进剂，以便维持土壤地方， 尤其对土壤物理性、化学性及生物均甚有助益。 有机物的分解是靠微生物进行的，因此制造堆肥的环境要适合微生物活动的条件，例如有充分的湿度及通气。在生产过程中需要经堆积及翻转的步骤，也需要足够的氮素提供微生物之繁殖。
为了使堆积有更好的开始，可利用腐熟堆肥或微生物接种剂加速堆肥之形成分解时堆肥能产生高温， 有助杀死病菌，因此堆肥外覆盖以增加温度也是有用的方法 添加矿物质及其他有机质可加速堆肥腐熟之功效，尤其是氮素类的有机质(豆类粉及酵母粉)的添加，对「碳氮比」高的堆肥质料最有效，常施用0.l～1 % 之量。石灰质材可减少酸性发生，例如石灰石粉常见施用0.3-0.5% 量，有助堆肥之品质。 土壤动物也是常被考虑有加速有机质分解的效用，但实际应用较少。

商业有机肥

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     包括纯有机质肥料及有机——矿物质肥料，这两种肥料可应用在有机农业中，但有机质添加「化学肥料」的「有机复合肥料」则不应该应用有机农业中，需要明确厘清，有机农业可应用天然的矿物质，而不能与化学肥料混为一谈。 商业有机质肥料可供有机农业之种类

有机质材料由于成分及分解释放营养的不同，在应用上需要重视各有机质材料的优缺点，截长补短，作最适当的调配与应用，将有事半功倍的效果。以下将常见的数种有机质材料说明其应用要领：

廄肥（粪便类）

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注意用量：廄肥含有较多的盐类及氮素。如未经发酵之尿水新鲜使用，易发生肥伤或氮素过多的结果；长期使用粪便之固体部份及液体部份应注意使用不宜过量。 宜用于基肥：氮素较高的廄肥适合使用在基肥。在果树使用上，不能在开花前后大量施用，以免氮素过多或因分解作用，引起落花落果或开花不佳的现象，应提早使用。 配合其它有机肥料或植物残质：施用廄肥后，将被分解快速，氮素的损失可达2-30 %，在高温及大风时，损失更大，可使用含较酸性的有机质，稳定氨态氮，减少氨的损失。
营养平衡的施肥法是不可忽略的，因此有机肥之施用也应重视营养分之平衡。植物残体是家畜禽类动物之粪尿吸收附着很好的物料，对有机肥料之应用也有相当的好处及方便。 注意使用卫生安全：动物粪便有机肥之使用应注意勿施在土壤表面，易发臭生虫，若经处理之粪便则可减少此一缺点，但乃需应用后覆土或翻土盖住。尤其蔬菜田使用有机肥料需注意卫生及安全，防止寄生虫及病菌孳生。

残质及堆肥

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     作物草杆残质（如稻草、玉米杆等）在播种前愈早施入或打入土壤愈好，可避免营养元素（如氮、微量元素等）被分解之微生物吸收固定，否则，幼苗将受残质影响，引起缺乏营养及黄化。因此施用未腐熟之作物草杆残质，需配合含氮较高的有机氮肥。
排水不良之田应减少大量施用作物残质或未腐熟之堆肥，排水不良的土壤在嫌气（缺氧气）下，有机物易分解成有害物质，将引起作物根部之伤害。有病害及杂草结种子的草杆不宜直接施用，以免病原菌及杂草种子孳长，否则得不偿失。

泥炭

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      国外泥炭是已被应用很久的有机肥料，泥炭是古代生物长期沉积转化的产物，施用后在土壤中分解甚为缓慢，对长期性土壤有机质的增加是最有效的质材。
泥炭产品的腐熟或转化程度各产地都有或多或少的差别，因为泥炭含有高量的土壤精华一腐植酸，泥炭中另含有黄酸及腐植胶，有机质含量高，灰分不应太高。
泥炭质轻呈酸性，但商业产品中已中和处理，并大都已调整泥炭中所含营养分，可视为最高稳定及不易分解的土壤改良剂。
调整泥炭中的营养分是以增加易分解的有机质材为宜，以补泥炭不易分解的需要。「泥炭苔」常是植物多年浸水的产物，疏松土壤及保水功能甚佳，但与古生物在数万年形成的「泥炭土」不同，泥炭苔及泥炭土都是土壤的良好改良剂。

动物废弃物

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      包括动物粪便（鸡粪、猪粪、羊粪等）、废弃残体（鱼粉、骨粉、羽毛、皮毛等）等，粪便类的成分依饲料的不同及添加材料的多寡，将影响品质甚大，例如鸡粪中添加过多的稻谷，就影响成分含量，注意购买品质。
鱼类渣及羽毛类均含有相当高的氮素，一般羽毛类含甚高的蛋白质，可视为氮肥来源，商品中也有将蛋白质分解到氨基酸，成为氨基酸类的氮肥。
骨粉含较高的钙磷肥，是属较缓慢分解的有机磷肥。粪便类（如猪粪） 有机质材尤需注意重金属铜的过量问题，因为部份饲料的添加化学物将影响粪便的品质。 

植物及微生物残体或废弃物

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     包括已分解（或半分解） 及未分解之区别，常见分解腐熟的堆肥，堆肥的品质是依使用的材料、营养含量的多寡、及腐熟度的差别而有不同，一般腐熟度是以「碳氮比」为标准，「碳氮比」愈低者为愈腐熟。 干燥的微生物体则以酵母粉最为常见，所含氮素也较多量，可视为重要的微生物质材之一，也可供堆肥发酵的促进材料。未腐熟的有机肥料常见的有豆饼、各种种子渣、纤维木质屑等，豆类饼渣是含较高的氮肥，硬质壳渣是不易分解的有机质，可视为良好的土壤长期改良剂。

萃取或浓缩有机肥料

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      商品中有从动、植物及微生物体中萃取的有机物，呈液体或浓缩粉状，内含各种有机物及营养元素（包括微量元素），甚至含有酵素、植物贺尔蒙、抗生素等萃取物，常见有海草类、鱼类等萃取物，可视为综合性营养剂。